Панель ISPConfig 3 периодически обновляется в обновлениях закрывают дыры и фиксят баги. Поэтому настоятельно рекомендуется поддерживать панель в актуальном состоянии. Если после входа в панель вы видите строку:

There is a new Version of iSPConfig 3 available! This version: 3.0.5.3 New Version : 3.0.5.4 See more.

Значит нужно провести обновление. Сделать это просто. Логинимся под рутом (я использую putty) и выполняем команду:

ispconfig_update.sh

На вопрос: Select update method (stable,svn) [stable]:

Ответил нажатием клавиши Enter эта команда установит стабильную версию панели.

Скрипт запросил разрешение создать резервную копию:

Shall the script create a ISPConfig backup in /var/backup/ now? (yes,no) [yes]:

Я согласился введя команду Enter

Далее привожу ответы на запросы скрипта  (красным отмечены введённые мной команды):

Reconfigure Permissions in master database? (yes,no) [no]: Enter (ответ yes используется если это подчиненный сервер в многосерверной установке).

Reconfigure Services? (yes,no) [yes]: Enter

ISPConfig Port [8080]: Enter

Create new ISPConfig SSL certificate (yes,no) [no]: Enter

Reconfigure Crontab? (yes,no) [yes]: Enter

После этого происходит перезапуск всех служб на сервере и обновление панели заканчивается. Можно идти пить пиво ))